简介
PowerSoil®-htp 96 Well Soil Isolation Kit可用于最多0.25 g土壤中基因组DNA的提取。该试剂盒给研究者们带来了新的提取环境样品中基因组DNA的高通量方法。与UltraClean®-htp 96 Well Soil Isolation Kit不同的是,PowerSoil®-htp 96 Well Soil Isolation Kit含有抑制因子去除技术(Inhibitor Remover Technology®, IRT),能更高效地去除抑制PCR的腐殖质,即使是极为复杂的土壤样品,也能高效去除PCR抑制因子,从而使获得的DNA能成功进行PCR扩增等下游应用。
已提取的样品包括堆肥、底泥和粪便等多种类型。提取出来的DNA可直接用作模板进行PCR扩增,以分析样品中的微生物多样性,经过PCR扩增验证可以提取的微生物类型有:细菌(革兰氏阳性、革兰氏阴性和芽孢菌类)、放线菌和真菌等。
操作预览
将环境样品加入到96孔bead beating plate中快速彻底均质。结合机械和化学方法使细胞裂解。通过专门的沉淀过程去除腐植酸。释放的基因组总DNA吸附到96孔spin column plate硅胶膜上,然后将DNA从膜上洗脱下来。获得的DNA可直接用于PCR分析或其他下游应用。
注意:2块96孔板的操作时间估计将近8 h,操作说明中会提到暂停点。操作中大部分时间会用于称取和添加土壤样品。
加样量
该试剂盒的设计加样量是0.25g土壤样品。不同类型土样建议加样量见下表,湿土见“湿土”部分:
土壤类型 |
建议加样量 |
干沙土 Dry sandy soil |
0.5 g |
干粘土 Dry clay |
0.25 g |
湿粘土 Wet clay |
0.25 g |
陶土 Potting soil |
0.1 g |
底泥 Sediment |
0.25 g |
壤土 loam |
0.25 g |
泥炭土 Peat moss |
0.1 g |
肥沃农田土壤 Rich farm soil |
0.25 g |
改良土 Amended soil |
0.15 g |
堆肥 Compost samples |
0.1 g |
*要一次提取5 g以上土壤DNA,推荐使用PowerMax® Soil DNA Isolation Kit(货号:12988-10)
湿土
若土样含水量较高,10000g离心30s,去除游离水分再称重加样。严格控制0.25g的起始加样量。
难裂解细胞
若样品中的微生物不易被机械和化学方法裂解,可在加入C1溶液后,加一个70℃水浴10 min的步骤,再使用96孔板振荡器进行机械裂解。
样品预处理方法准备(传统冷冻法)
将样品加入到Bead Plate后置于-70℃或-20℃中直至样品完全冷冻。迅速将Bead Plate放到65℃水浴中。再重复上述过程一次后加入C1溶液。
可选:第二次反复冻融后,对于某些微生物,可计入蛋白酶K与C1Solution一同作用,以提高裂解效率。
离心速度达不到4500 g
用说明书中时间和转速的乘积来确定总离心力。根据离心机的速度来计算离心时间(可四舍五入)以保证足够离心力。例如:4500 g ×10 min = 45000。若离心机速度为2500 g, 则离心45000÷2500 = 15 min。
DNA浓缩
最终DNA体积为100μl。要浓缩DNA,可加入5μl 5M NaCl并上下颠倒3-5次混匀。然后加入200μl 冷乙醇并上下颠倒3-5次混匀。在-20℃孵育10min或过夜孵育。13000g离心15 min。弃去所有上清液。用70%冷乙醇洗涤DNA沉淀。13000 g离心10 min 再次沉淀样品。弃去乙醇并用真空离心蒸发器、干燥器或冷干机去除残余乙醇。用无菌水或10mM Tris重悬沉淀。
注意:样品单独转移至离心管后才能进行此浓缩。
DNA保存
洗脱到C6溶液(10mM Tris)的DNA应保存在-20℃以防降解。用TE缓冲液洗脱DNA可防止DNA降解,但其中的EDTA可能会抑制下游PCR或测序等。DNA也可用无菌DNA-Free PCR级水(货号:17000-10)洗脱。用无菌水洗脱的DNA应保存在-70℃。
KingFisher Duo、KingFisher Flex和epMotion自动化核酸提取仪定制96孔板磁珠法高通量提取:
PowerMag™ Soil DNA Isolation Kit (Optimized for KingFisher®)
PowerMag™ Soil DNA Isolation Kit (Optimized for epMotion®)