中科助腾微生物数据分析平台

GenesClouds微生物数据分析平台

   GenesClouds微生物全基因组数据存储分析平台，实现微生物全基因组数据的有序存储，提升实验室数据管理水平；提供“一键式”的生物信息学分析能力。

“微生物全基因组数据存储分析平台”解决了高通量全基因组数据的安全存储、快速计算、精准比对和可视化展示等难题，形成了全基因组数据快速综合分析及组网溯源预警能力，能够为我国传染病防治、食品安全事故处置和精准溯源预警等提供坚实技术支撑。

适用场景：
疾控中心、海关检疫、市场监管机构、农业系统、高校科研、医疗健康、食品企业、药品企业、第三方检验检测。

  平台WGS分析功能
  质控(fastqc/quast/Trimmomatic/fastp)

拼接分析(Spades/Velvet/Unicycler/canu)

特征基因分析(Virulence/Resistance/Serotype)

基因组注释(Prokka)

菌种鉴定(Kraken2)

分子分型（cgMLST/wgMLST/wgSNP)

聚类分析(Dendrogram/MInimum Spanning Tree)
 

目前向用户提供以下菌种的wgMLST/cgMLST分析：

Acinetobacter baumannii

Brucella melitensis

Campylobacter jejuni/coli

Clostridioides difficile

Enterococcus faecalis

Enterococcus faecium

Escherichia coli

Francisella tularensis

Klebsiella pneumoniae/variicola/quasipneumoniae

Legionella pneumophila

Listeria monocytogenes

Mycobacterium tuberculosis/bovis/africanum/canettii

Mycoplasma gallisepticum

Paenibacillus larvae

Pseudomonas aeruginosa

Salmonella enterica

Staphylococcus aureus