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制备型色谱的分离方法通常是在分析型色谱的基础上通过选择合适的固定相而不断摸索得到。C18是为常用的制备型色谱填料。在制备型色谱中，样品组分的容量因子通常在 2.5-20之间。制备型色谱的分离过程是使色谱柱处于过载状态，通过牺牲一定的分离度来获取高纯度样品的产率。选择因子和分离度可通过调节流动相的组成以及梯度的斜率进行优化。为了获得的产率和纯度，下面列出几条常用的指导原则：
•样品在起始流动相中的溶解度至关重要(>0.1M或>50mg/mL)。
•选择因子(α)：尽量不要使 α<1.25；如果无法避免，上样量尽量不要过载(<1mg/g填料)。
•选择因子(α)：当 α>1.5时，上样量可至 15mg/g填料。
填料的特性
•采用高度可控的单分子层形成和封尾技术
•柱与柱之间的重现性好
•便于从分析级向制备级规模的放大
•优异的机械稳定性
•在粒径、孔径和键合化学等方面提供多种选择
应用固定相化学结构应用可用于药物分子，，天然产物，以及酸性、中性和碱性化合物等的反相分离。
可用于碱性化合物的分离，或者分离过程中要求流动相的 pH值较高。
可使用高含水比例的流动相。可分离药物分子、维生素、天然产物、多肽及其它极性分子等。适用于分离过程中需要填料孔径较大，或者需要高含水比例的流动相时的情形。离药物分子、维生素、天然产物、多肽及其它极性分子等。
可用于药物分子，雌激素，以及酸性、中性和碱性化合物等的反相分离。适用于分离过程中需要填料孔径较大时的情形。可分离药物分子、维生素、蛋白、多肽和其它极性分子等。
可用于分离蛋白和多肽等。适用于分离过程中需要填料孔径较大时的情形。可分离蛋白和多肽等。可用于分离芳香族化合物、抗生素、脂类以及含环状结构的化合物。适用于 pH条件（1-14）或者需要对分析物具有不同选择性时的情形。可用于药物分子，，多肽，以及酸性、中性和碱性化合物等的反相分离。
可用于药物分子和极性化合物的正相分离。可用于糖类、醇类、维生素、核苷酸、寡核苷酸、阴离子化合物等的分离。SCX(强阳离子交换)可用于胺类或含聚胺基团的化合物、核苷酸以及多肽等的分离。
可用于碱性化合物、药物分子、以及代谢产物等的正相或 HILIC模式的分离。更多关于制备液相色谱柱的规格及性能
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