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硒蛋白（selenoprotein），是含硒的蛋白的简写。通常的理解误区是－－认为只有含有硒半胱氨酸残基的蛋白质才是硒蛋白，或硒蛋白只含有硒半胱氨酸残基。事实上，只有硒酶（selenoenzyme）几乎都是以硒半胱氨酸残基作为催化中心的硒蛋白，而不是所有的硒蛋白都具有催化功能。
含有硒半胱氨酸的硒蛋白
绝大多数情况下，硒半胱氨酸是承载硒元素最主要的方式，硒半胱氨酸也因其重要性被称作第21个氨基酸，在哺乳动物体内参与蛋白组成，所以这种情况下硒蛋白也就是含有硒半胱氨酸的蛋白。例如，哺乳动物体系的硫氧还蛋白还原酶就是属于硒蛋白，硒半胱氨酸是借助掺硒辅助元件，通过UGA中止密码子介导的、特异性的编码合成。
含有硒甲硫氨酸的硒蛋白
硒以硒甲硫氨酸或硒蛋氨酸为主要结合态存在于粮食中。虽然硒甲硫氨酸参入蛋白质合成可能是随机过程，但是含有硒甲硫氨酸的蛋白也称为硒蛋白。
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