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科学研究表明，在人体中栖息着100亿个以上的微生物，有95%左右的细菌是存在于肠道尤其是大肠中，重达一公斤，几乎占粪便干重的30-50%，按它们对人体的影响分为有益、有害和中性菌三类，有益菌主要是双歧杆菌，嗜酸乳杆菌等，其中双歧杆菌是厌氧菌，栖息在缺少氧气的大肠中。
有益菌对人体起着保卫作用，可抑制有害菌的生长，抵抗病原菌的侵袭，合成人体需要的B族维生素，产生在机酸，刺激肠壁蠕动促进排便，防止便秘。抑制肠道中的腐败，净化肠道环境，分解有毒致癌物质，提高机体免疫功能，降低血液以及延缓衰老等。人体中的双歧杆菌随年龄而异，婴幼儿最多，几乎占了人体细菌总量的95%以上，随着年龄增长而逐渐减少，青壮年多于老年人，体弱多病者和老年人肠道内的双歧杆菌仅占百分之几，而被腐败细菌充斥着。总之，健康人肠道内有益菌多而腐败菌少，因此肠道内有益菌的多少是人体健康的标准。
肠道中的有害细菌如产气夹膜梭菌、韦荣氏菌、假单孢菌等则在大肠中分解食物残渣，产生氨、胺类，吲哚、亚硝胺、硫氢等有毒化合物，人体长期吸收会降低免疫力，促进衰老，以致引发各种疾病。
正常情况下，三类细菌间保持着一种相互制约的某种平衡，一旦这种平衡打破（如疾病、大手术后、化疗、放疗、长期使用抗菌素、衰老、情绪压抑等），有害菌占了上风，肠功能发生紊乱从而引发一系列的疾病及症状。中性菌在繁殖过多时也会产生有毒物质，引起疾病。医学研究证明，增加肠道内有益菌的比例，以抑制有害菌的过度增殖，可减少肠道腐败，清理肠道、促进健康延缓衰老。
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